Em 1968, a Câmara de Vereadores de Juazeiro do Norte aprovou uma Lei criando a Faculdade de Medicina, porém a viabilidade da mesma não encontrou respaldo em instâncias superiores. Em 1998, a Prefeitura de Juazeiro do Norte, após persistente luta, decidiu apresentar um projeto de criação de uma Faculdade de Medicina, cuja missão estivesse em consonância com as necessidades de saúde da Região Nordeste e, em especial, a do Cariri.
A implantação da Faculdade de Medicina de Juazeiro do Norte – FMJ deu-se então no ano de 1998, a partir de um estudo das condições geográficas do município, o perfil sócio-econômico e a demanda da comunidade pelo ensino na área médica.
A primeira turma ingressou em 2000 e hoje a FMJ já formou 275 médicos com perfil de competência compatível com a atuação em qualquer área da medicina, imbuídos de espírito ético e humanístico, com percepção de sua responsabilidade social e da estrutura e funcionamento do sistema de saúde do País.